С середины 1950-х гг. историческое здание аптеки стало использоваться под аптечный склад, позже – под салон мебели и Дом учителя. Арендаторы эксплуатировали помещения бывшей аптеки на износ, изменили планировку и внутреннюю отделку. Ремонт не проводился до середины 1990-х гг.
Общественность города не осталась безучастной к разрушению памятника архитектуры и истории. В декабре 1987 г. в Гродно состоялась научно-практическая конференция «История фармации и аптечного дела», главным поводом к организации которой явилось 300-летие основания иезуитской аптеки в Гродно. Участники конференции обратились к городским властям с ходатайством о возрождении знаменитой аптеки, обязательным условием которого была бы реставрация старинного здания и открытие в нем музея аптечного дела. Наиболее реальным тогда представлялось воссоздание фасадов конца XIX столетия. В интерьер планировалось ввести отдельные элементы убранства аптеки XVIII века.
В 1988 г. здание старейшей аптеки Беларуси было объявлено памятником истории республиканского значения, однако продолжало использоваться не по назначению.
Только с февраля 1996 г. начались работы по его реставрации. Они осуществлялись силами работников гродненского научно-производственного кооператива «Биотест», которому была передана часть первого этажа аптечного здания, уже пустующая к этому времени. Другая часть помещений использовалась Фарным костелом.
НПК «Биотест» не только отремонтировал старинную аптеку за счет собственных средств, но также провел большую научно-исследовательскую работу и закупку экспонатов для зарождающегося музея. Неоценимую помощь в формировании музейных коллекций оказали жители и гости города Гродно. Первую временную экспозицию, размещенную в отдельном зале аптеки-музея, в 2005 г. сменила новая постоянная экспозиция. К тому моменту музейное собрание выросло более чем в два раза.
На сегодняшний день гродненская аптека-музей является важным туристическим объектом. Удобное расположение на центральной площади города, бесплатный вход в музей, интересные экскурсии по экспозиции, наличие сувениров делают аптеку-музей желанным местом для посещения туристов.
